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有些疾患与失眠的症状类似，很容易发生混淆，特别是下面这几种，需要仔细鉴别。
睡眠卫生不良 睡眠卫生不良可直接导致失眠，当纠正不良的睡眠习惯后，失眠即可缓解。而心理生理性失眠则是指与促发因素无关的失眠，例如在改变不良睡眠习惯并持续保持良好的睡眠卫生后，患者的睡眠问题依然存在。
抑郁症 心理生理性失眠与抑郁症相区别的基础在于抑郁症患者可存在其他“自主神经症状”，如食欲减退、明显的昼夜性情感节律波动(早晨感觉最差)和消化道不适(典型者如便秘)等。亦应考虑到容易导致抑郁症的近期生活事件，临床上可见抑郁症的很多生物学指标，如REM睡眠潜伏期缩短、地塞米松失抑制或早晨觉醒过早。诊断慢性抑郁症最重要的意义在于抑郁症虽然可呈隐袭性发病，但抑郁仍然可以是首发事件，而非睡眠差和相关的疲劳与挫折感的反应。
广泛性焦虑障碍 广泛性焦虑障碍患者在觉醒状态下也可见到焦虑症状，社会适应能力明显受损。心理生理性失眠患者的核心症状表现为失眠，相关的临床症状为持续觉醒状态的后果。
调节性睡眠障碍 心理生理性失眠患者在临床症状出现前，也可能因为各种应激性事件导致调节性睡眠障碍，表现为一段时间的失眠，当应激性因素消失后，睡眠可以恢复正常。但此时如果患者仍然过分地全神贯注于自己的睡眠问题或担心自己睡不着，则表现出心理生理性失眠的临床特点。当临床症状符合诊断标准中的某些疾病时，则不应将心理生理性失眠作为主要诊断。
短睡眠者 短睡眠者觉醒后能够获得清醒的感觉，不会因为由于睡眠时间短而对日间功能产生不利的影响。而在特发性失眠患者，由于所获得的睡眠时间减少，不能满足自己的需要，因此在日间活动受到影响，可以表现为警觉性下降和慢性疲劳等。
心理生理性失眠是患者过分注意睡眠问题引起的失眠。主要是间歇性紧张状态导致睡眠质量差和两种适应不良的行为，包括越努力想睡就越紧张的恶性循环，按患者的话就是“想尽一切办法去睡”;就寝习惯、就寝固定性行为和与睡眠相关的活动(例如刷牙)使患者条件化，造成挫折和觉醒。
